I files li puoi usare tranquillamente su Ubuntu a patto ovviamente di avere i programmi per leggerli (ti consiglio questa mia guida per partire con tutto il software necessario a goderti la tua nuova Ubuntu).

Puoi pescarli direttamente dalla partizione di windows oppure creare una partizione dedicata ai dati e si, anche in un secondo momento sempre tenendo presente la raccomandazione di prima (se devi ridimensionare partizioni in uso devi farlo dal cd di Ubuntu).

Per quanto riguarda eMule (su ubuntu sarebbe aMule) i files temporanei creati durante il download (al termine del download i files completi come saprai vengono spostati da temp a incoming) sono compatibili in entrambi i sensi per cui dovresti essere in grado di condividerli. Ti sconsiglio comunque di provare a condividere le due code di download perchè nonostante la compatibilità dei files temporanei, la stessa cosa non vale per i files di configurazione, per cui potresti avere problemi legati alla perdita dei settaggi. Leggi questa guida in merito.